Năm 2005, Chính phủ ban hành Nghị định số 56/2005/NĐ - CP về Khuyến nông, Khuyến ngư, ở trung ương: Trung tâm Khuyến nông Quốc gia thành lập (tách từ Cục Khuyến nông và Khuyến lâm) trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Trung tâm Khuyến ngư thuộc Bộ Thủy sản.[24]

Đến năm 2008, khi hợp nhất Bộ Nông nghiệp và PTNT và Bộ Thủy sản, Trung tâm Khuyến nông Quốc gia và Trung tâm Khuyến ngư Quốc gia cũng hợp nhất thành Trung tâm Khuyến nông - Khuyến ngư Quốc gia.